Gabriel,
Existem entradas para essas notas na tabela /XNFE/NFE_HIST com o campo WASSTAT = 03 (Sign)?
Existem entradas para essas notas na tabela /XNFE/XML ?
Se essas entradas existirem e o erro persistir, eu sugiro parar o job /xnfe/process_reports por um tempo e debugar ele para ver a razão pela qual as notas em questão não estão sendo adicionadas em um lote.
Na tabela de customização de lote existe apenas a entrada padrão?
[]'s